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Am Anfang jeder Mission, geht man zu einem Agenten und spricht ihn an und fragt nach einer Mission.
Agend Missiondetail
In diesem Dialogfenster sieht man alles, was für die kommende Mission wichtig ist.
Wo sie ist, welche Gegner da zu finden sind, was man dort zu machen hat und wie viel Belohnung man bekommt. Man kann Missionen ohne Verluste von Ansehen ablehnen und mit der nächsten fortfahren, das geht allerdings nur alle 4 Stunden je Agent.

Je nachdem gegen wen man in die Missionen geht, sollte man sich bei Zeiten mit den Schadensarten vertraut machen, welche die NPC's austeilen bzw. welche man am besten gegen diese verwendet. Diese werden zum einen bei EvE-Survival mit angegeben oder auf verschiedenen anderen Seiten.
(z.B.: http://www.schildwall.info/basics/npc_damage.htmlFrage)

Sobald man die Mission angenommen hat, rüstet man sein Schiff für die Mission aus, wenn man das nicht bereits schon erledigt hat und fliegt in das System, wo diese stattfindet. Der Agent hat einen Bookmark in dem System hinterlegt, zu dem man nun mittels Rechtsklick → warpen zu... gelangt.
Dort angekommen, schaltet man die erscheinenden Gegner auf und fängt an, sich durch diese durch zu arbeiten. Missionen die im offenen Raum stattfinden (die wo kein Acceleration Gate davor ist) können auch auf Entfernung angewarpt werden. Strg + Linksklick in der Übersicht oder im All auf die Ziele zum Aufschalten ist in Missionen sehr nützlich um recht zügig die Gegner aufzuschalten, mit der selben Tastenkombination kann eine Aufschaltung auch wieder aufgehoben werden (Strg+Shift+Klick).
Ab LvL3 Missionen findet dann auch vermehrt Electronic Warfare Einzug in die Missionen, d.h. dass die NPC's anfangen zu webben (Alle, Schiff zu verlangsamen), scramblen (Alle, Warp stören), nossen (Blood raider, Energie absaugen), dampen (Serpentis, Aufschaltreichweite und -geschwindigkeit reduzieren), jammen (Guristas, Aufschaltung stören), target painten (Angels, Signatur vergrößern), Tracking disrupten (Sansha, Nachführgeschwindigkeit und Reichweiteder Waffen reduzieren).
Des Weiteren gibt es in vielen Missionen Auslöser (Trigger), die einen weiteren Spawn triggern und so mehr Gegner aufs Feld holen.
Welche das genau sind, lernt man entweder mit der Zeit und durch Schmerz, oder man schaut unter http://www.schildwall.info/missionen.htmlFrage nach. Missionsbeschreibungen von eve-survival.org sind dort mit Filter- und Sortiermöglichkeiten gelistet.
Wenn man dann das Ziel der Mission erfüllt hat, sammelt man ggf. noch den Missionsgegenstand ein, welcher sich in der Regel in einem Container neben dem letzten geplatzten NPC Schiff befindet.
Wichtig ab LvL4 Agenten:
Es ist mit der Zeit ein Volkssport in EvE geworden, die Missionrunner in ihren Missionen auszuscannen und entweder nur die Wracks zu salvagen oder manche räumen diese auch gleich mit aus. Sie werden zwar dadurch angreifbar, aber die meisten rechnen sogar damit und haben entsprechend Freunde oder PvP-Schiffe in der Gegend um dem Missionrunner dann gleich sein Schiff von außen zu zeigen.
Oder sie Provozieren durch einen Angriff auf verankerte Mobile Depots oder Mobile Tractor Units.